PHÂN TÍCH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA MỘT SỐ CHỦNG GIỐNG VI KHUẨN NỘI SINH TRONG RỄ CÂY KHOAI TÂY
Từ khóa:
vi khuẩn nội sinh, chỉ thị phân tử, ISSR, RAPD, đa dạng di truyềnTóm tắt
14 chủng giống vi khuẩn nội sinh trong rễ cây khoai tây đã được đánh giá đa dạng di truyền bằng 10 chỉ thị RAPD và 6 chỉ thị ISSR. Hai chỉ thị phát hiện được tổng số 159 locus (107 locus với chỉ thị RAPD và 52 locus với chỉ thị ISSR) với tỷ lệ locus đa hình khá cao (trung bình 85,0% đối với chỉ thị RAPD và 86,2% đối với chỉ thị ISSR). Trung bình chỉ số PIC của 10 mồi RAPD là 0,35 và của 6 mồi ISSR là 0,38 chứng tỏ khả năng phát hiện đa hình các chỉ thị là cao. Hệ số tương đồng của 14 chủng giống vi khuẩn nội sinh dao động từ 0,36- 0,76. Trong đó, chủng giống V_2 và V_12 có hệ số tương đồng thấp nhất (0,36), và chủng giống V_2 và V_6 có hệ số tương đồng cao nhất (0,76). Ở hệ số tương đồng di truyền trung bình là 0,573, 14 chủng giống vi khuẩn được phân thành 4 nhánh di truyền chính. Kết quả trên chứng tỏ 14 chủng giống vi khuẩn nội sinh nghiên cứu có sự đa dạng di truyền rất lớn.
Tài liệu tham khảo
[1]. Bhadania R, Parkhia A, Gajera H (2014) Molecular characterization of endophytic bacteria isolated from root of different field crops. Indian Journal of Agricultural Biochemistry 27: 1-6
[2]. Botstein D, White RL, Skolnick M, Davis RW (1980) Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American Journal of Human Genetics 32: 314-331
[3]. De Souza J, Santos A, Monteiro F, Batista M, Santos P, Carvalho Ferreira L, Correa E (2017) Genetic diversity and population densities of endophytic Bacillus spp. In yam plants. Bragantia 76
[4]. Galván MZ, Bornet B, Balatti PA, Branchard M (2003) Inter simple sequence repeat (ISSR) markers as a tool for the assessment of both genetic diversity and gene pool origin in common bean (Phaseolus vulgaris L.). Euphytica 132: 297-301
[5]. Grünig CR, Sieber TN, Holdenrieder O (2001) Characterisation of dark septate endophytic fungi (DSE) using inter-simple- sequence-repeat-anchored polymerase chain reaction (ISSR-PCR) amplification.
Mycological Research 105: 24-32
[6]. Karuppanapandian T, Wang H, Karuppudurai T, Rajendhran J, Kwon M, Jang C, Kim S, Manoharan K, Kim W (2010) Efficiency of RAPD and ISSR markers in assessing genetic diversity and relationships in black gram (Vigna mungo L. Hepper) varieties. Canadian Journal of Plant Science 90: 443-452 [7]. Khaled AGA, Motawea MH, Said AA (2015) Identification of ISSR and RAPD markers linked to yield traits in bread wheat under normal and drought conditions. Journal of Genetic Engineering and Biotechnology 13: 243-252
[8]. Lalhruaitluanga H, Prasad MNV (2009) Comparative results of RAPD and ISSR markers for genetic diversity assessment in Melocanna baccifera Roxb. growing in Mizoram State of India. African Journal of Biotechnology 8: 6053-6062
[9]. Liu H, Zhang L, Meng A, Zhang J, Xie M, Qin Y, Faulk DC, Zhang B, Yang S, Qiu L (2017) Isolation and molecular identification of endophytic diazotrophs from seeds and stems of three cereal crops. PLOS ONE 12: e0187383 [10]. Lyra MCCPd, Santos DC, Mondragon- Jacobo C, Silva MLRBd, Mergulhão ACES, Martínez-Romero E (2013) Isolation and molecular characterization of endophytic bacteria associated with forage cactus (Opuntia spp.). In, Ed 995. International Society for Horticultural Science (ISHS),
Leuven, Belgium, pp 99-108
[11]. Farhad Masoomi-Aladizgeh, Leila Jabbari, Reza Khayam Nekouei, Ali Aalami (2019) A Simple and Rapid System for DNA and RNA Isolation from Diverse Plants Using Handmade Kit, 17 June 2019, Protocol (Version 2) available at Protocol Exchange [https://doi.org/10.21203/rs.2.1347/v2].
[12]. Nguyễn Xuân Trường, Lương Văn Hưng, Vi Quốc Hiền, Phạm Văn Tuân, Vũ Tiến Dũng, Đỗ Thị Mai (2019) Kết quả tuyển chọn và khảo nghiệm giống khoai tây mới ‘Bliss’ cho chế biến chip. Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Chuyên đề Sinh học phục vụ phát triển nông nghiệp công nghệ cao: 130-138. [13]. Pham NK, Phip Thi Ninh, Huyen Thanh Pham, Nga Quynh Nguyen, Nga Hang Do, Son Truong Dinh (2021) High genetic diversity of Dysosma tonkinense revealed by ISSR and RAPD markers. Asian Journal of Plant Sciences 20: 637-647
[14]. Pham TTT, Tran HTT, Cao BP, Ninh PT, Do HN, Dinh ST (2022) High genetic diversity of 16 Indian lettuce (Lactuca indica L.) accessions from Vietnam. Pak J Biol Sci 25: 201-209 [10] Prevost A, Wilkinson MJ (1999) A new system of comparing PCR primers applied to ISSR fingerprinting of potato cultivars. Theoretical and Applied Genetics 98: 107-112
[15]. Rodrigues KF, Sieber TN, Grunig CR, Holdenrieder O (2004) Characterization of Guignardia mangiferae isolated from tropical plants based on morphology, ISSR- PCR amplifications and ITS1-5.8S-ITS2 sequences. Mycol Res 108: 45-52 [16]. Sokal RR, Michener CD (1958) A statistical method for evaluating systematic relationships.
Univ. Kans. Sci. Bull 28: 1409–1438
[17]. Souframanien J, Gopalakrishna T (2004) A comparative analysis of genetic diversity in blackgram genotypes using RAPD and ISSR markers. Theoretical and Applied Genetics 109: 1687-1693
[18]. Tripathi N, Chouhan DS, Saini N, Tiwari S (2012) Assessment of genetic variations among highly endangered medicinal plant Bacopa monnieri (L.) from Central India using RAPD and ISSR analysis. 3 Biotech 2: 327-336
