ỨNG DỤNG PHƯƠNG PHÁP GIẢI TRÌNH TỰ TOÀN BỘ VÙNG GEN MÃ HÓA TRONG VIỆC XÁC ĐỊNH SƠ BỘ BIẾN THỂ DI TRUYỀN Ở BỆNH NHÂN MẮC DỊ TẬT VAN TIM BẨM SINH
Từ khóa:
Dị tật van tim bẩm sinh, đột biến gen, giải trình tự toàn bộ vùng mã hóa, giải trình tự thế hệ mới, tin sinh họcTóm tắt
Dị tật van tim bẩm sinh đặc trưng bởi một hoặc nhiều van tim phát triển bất thường. Có một số nguyên nhân phổ biến gây ra bệnh như nhiễm độc và nhiễm bệnh trong thời gian thai kỳ đặc biệt là do di truyền. Giải trình tự toàn bộ vùng gen mã hóa cho phép xác định biến thể di truyền trên đồng thời nhiều gen đươc coi là phương pháp thích hợp trong nghiên cứu di truyền dị tật van tim bẩm sinh. Nghiên cứu này thực hiện giải trình tự toàn bộ vùng gen mã hóa của một bệnh nhân mắc di tật van tim bẩm sinh từ đó phân tích xác định được 82.556 đột biến dạng thay thế nucleotide và 11.334 đột biến thêm bớt nucleotide trên toàn bộ vùng mã hóa bao gồm cả những đột biến đã được báo cáo trên cơ sở dữ liệu dbSNP và đột biến mới. Kết quả của nghiên cứu cho thấy tiềm năng của việc sử dụng công nghệ giải trình tự toàn bộ vùng gen mã hóa trong nghiên cứu và chẩn đoán di tật van tim bẩm sinh.
Tài liệu tham khảo
[1]. Shi L.-M., Tao J.-W., Qiu X.-B., et al. (2014). GATA5 loss-of-function mutations associated with congenital bicuspid aortic valve. Int J Mol Med, 33(5), 1219–1226.
[2]. Foffa I., Ait Alì L., Panesi P., et al. (2013). Sequencing of NOTCH1, GATA5, TGFBR1 and TGFBR2 genes in familial cases of bicuspid aortic valve. BMC Med Genet, 14, 44.
[3]. Dargis N., Lamontagne M., Gaudreault N., et al. (2016). Identification of Gender- Specific Genetic Variants in Patients With Bicuspid Aortic Valve. Am J Cardiol, 117(3), 420–426.
[4]. Yang Y., Muzny D.M., Reid J.G., et al. (2013). Clinical whole-exome sequencing for the diagnosis of mendelian disorders. N Engl J Med, 369(16), 1502–1511.
[5]. Lee H., Deignan J.L., Dorrani N., et al. (2014). Clinical Exome Sequencing for Genetic Identification of Rare Mendelian Disorders. JAMA, 312(18), 1880–1887.
[6]. Li H. and Durbin R. (2009). Fast and accurate short read alignment with Burrows- Wheeler transform. Bioinforma Oxf Engl, 25(14), 1754–1760.
[7]. McKenna A., Hanna M., Banks E., et al. (2010). The Genome Analysis Toolkit: A MapReduce framework for analyzing next- generation DNA sequencing data. Genome Res, 20(9), 1297–1303.
[8]. Cingolani P., Platts A., Wang L.L., et al. (2012). A program for annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms, SnpEff: SNPs in the genome of Drosophila melanogaster strain w1118; iso- 2; iso-3. Fly (Austin), 6(2), 80–92.
[9]. Ng P.C. and Henikoff S. (2003). SIFT: Predicting amino acid changes that affect protein function. Nucleic Acids Res, 31(13), 3812–3814.
[10]. Adzhubei I., Jordan D.M., and Sunyaev S.R. (2013). Predicting functional effect of human missense mutations using PolyPhen-2. Curr Protoc Hum Genet, Chapter 7, Unit7.20.
[11]. Sener E.F., Canatan H., and Ozkul Y. (2016). Recent Advances in Autism Spectrum Disorders: Applications of Whole Exome Sequencing Technology. Psychiatry Investig, 13(3), 255–264.
